1.  Пономаренко Ю. А. Чинність і дія кримінального закону в часі : моногр. – К. : Атіка, 2005. – 288 с. (https://dspace.nlu.edu.ua/handle/123456789/18966)
2. Пономаренко Ю. А. Виды наказаний по уголовному праву Украины : моногр. – Харьков: ФИНН, 2009. – 344 с. (https://dspace.nlu.edu.ua/handle/123456789/18965)
3. Пономаренко Ю. А. Штраф як вид покарання у кримінальному праві України (за результатами реформи 2011 р.) : наук. нарис. – Х. : Право, 2012. – 80 с. (https://dspace.nlu.edu.ua/handle/123456789/18967)
4. Проблеми правової відповідальності: моногр. / Ю. П. Битяк, Ю. Г. Барабаш, Л. М. Баранова та ін.; за ред. В. Я. Тація, А. П. Гетьмана, В. І. Борисової. – Х.: Право, 2014. – 348 с. (у співавторстві).
5. Сучасна кримінально-правова система в Україні: реалії та перспективи : моногр. / Ю. В. Баулін, М. В. Буроменський, В. В. Голіна та ін. Під заг. ред. Ю. В. Бауліна. – К.: ВАІТЕ, 2015. – 688 с. (у співавторстві)
6. Політика у сфері боротьби зі злочинністю України: теоретичні та прикладні проблеми : моногр. / за заг. ред. П. Л. Фріса та В. Б. Харченка. – Івано-Франківськ – Харків: Б. в., 2016. – 419 с. (у співавторстві)
7. Пономаренко Ю. А. Загальна теорія визначення караності кримінальних правопорушень : моногр. – Харків: Право, 2020. – 720 с. (https://dspace.nlu.edu.ua/handle/123456789/18747)

1. Gorpyniuk O., Kovalenko V., Ponomarenko Yu., Tiutiugin V., Kharytonova O. Zbieg przestępstw w prawie karnym Ukrainy // Annales Universitatis Mariae Curie-Skłodowska. Sectio G: Ius. – 2013. – Vol. LX, 2. – S. 59-80.
2. Tatsiy V., Tiutiugin V., Ponomarenko Yu. Problems of stability and dynamism of the modern criminal legislation of Ukraine // Yearbook of Ukrainian law : Coll. of scientific papers / responsible for the issue O.V.Petryshyn. – Kh.: Law, 2016. – № 8. – P. 297-307.

Підручники

1. Кримінальне право України: Загальна частина: підручник / В. І. Борисов, В. Я. Тацій, В. І. Тютюгін та ін.; за ред. В. Я. Тація, В. І. Борисова, В. І. Тютюгіна. – 5-е вид., переробл. і допов. – Х.: Право, 2015. – 528 с. (у співавторстві)
2. Кримінальне право України: Загальна частина: підручник / В. Я. Тацій, В. І. Тютюгін В. І. Борисов, та ін.; за ред. В. Я. Тація, В. І. Тютюгіна, В. І. Борисова. – 6-е вид., перероб. і допов. – Х.: Право, 2020. – 584 с. (у співавторстві). 

Науково-практичні коментарі

1. Кримінальний кодекс України: Науково-практичний коментар / Ю. В. Баулін, В. І. Борисов, С. Б. Гавриш та ін.; За заг. ред. В. В. Сташиса, В. Я. Тація. – К.: Концерн “Видавничий дім “Ін Юре”, 2003. – 1196 с. (у співавторстві)
2. Кримінальний кодекс України: Науково-практичний коментар / Ю. В. Баулін, В. І. Борисов, С. Б. Гавриш та ін. За заг. ред. В. Т. Маляренка, В. В. Сташиса, В. Я. Тація. Видання друге, перероблене і доповнене. – Х.: ТОВ «Одіссей», 2004. – 1152 с. (у співавторстві)
3. Кримінальний кодекс України: Науково-практичний коментар / Ю. В. Баулін, В. І. Борисов, С. Б. Гавриш та ін. За заг. ред. В. В. Сташиса, В. Я. Тація. – Видання третє, перероблене і доповнене. – Х.: ТОВ «Одіссей», 2006. – 1184 с. (у співавторстві)
4. Кримінальний кодекс України: Науково-практичний коментар / Ю. В. Баулін, В. І. Борисов, С. Б. Гавриш та ін. За заг. ред. В. В. Сташиса, В. Я. Тація. – Вид. четверте, доповн. – Х.: ТОВ «Одіссей», 2008. – 1208 с. (у співавторстві)
5. Кримінальний кодекс України. Науково-практичний коментар: у 2 т. / за заг. ред. В. Я. Тація, В. П. Пшонки, В. І. Борисова, В. І. Тютюгіна. – 5-те вид., допов. – Х.: Право, 2013. Т. 1: Загальна частина / Ю. В. Баулін, В. І. Борисов, В. І. Тютюгін та ін. – 2013. – 376 с. (у співавторстві)

Наукові статті

1. Пономаренко Ю. А. Щодо тлумачення частини 1 статті 58 Конституції України // Вісник Академії правових наук України. – 1999. – № 4 (19). – С. 209-220.
2. Пономаренко Ю. А. До обґрунтування зворотної дії більш м’якого кримінального закону // Вісник Харківського університету № 456. Серія: “Актуальні проблеми сучасної науки в дослідженнях молодих вчених м. Харкова”. Частина 1. – Харків, 2000. – С. 259-262.
3. Пономаренко Ю. А. Проблеми реформування кримінального законодавства України у зв’язку зі скасуванням смертної кари // Юридичний вісник України. Інформаційно-правовий банк. – № 17 (253). – 27 квітня – 3 травня 2000 року. – С. 30-34.
4. Пономаренко Ю. А. До питання про можливість зворотної дії кримінального закону в часі при збільшенні мінімального розміру заробітної плати // Предпринимательство, хозяйство и право. – 2000. – № 9. – С. 41-44.
5. Пономаренко Ю. А. Про недопустимість надання зворотної дії кримінальному закону спеціальною вказівкою законодавця // Проблеми законності: Респ. міжвідом. наук. зб. / Відп. ред. В.Я. Тацій. – Харків: Нац. юрид. акад. України, 2000., Вип. 44. – С. 146-151.
6. Пономаренко Ю. А. Визначення, захист і обмеження прав людини у кримінальному законі України // Вісник Харківського університету. № 506. Серія: Актуальні проблеми сучасної науки в дослідженнях молодих вчених м. Харкова. Частина 1. – Харків: Харківський нац. ун-т, 2001. – С. 23-25.
7. Пономаренко Ю. А. Кримінальний закон: єдність форми та змісту // Проблеми законності: Респ. міжвідом. наук. зб. / Відп. ред. В. Я. Тацій. – Харків: Нац. юрид. акад. України, 2001., Вип. 46. – С. 163-168.
8. Пономаренко Ю. А. Актуальні питання дії кримінального закону в часі у зв’язку зі скасуванням смертної кари // Правова держава. – 2001. – № 3. – С. 133-137.
9. Пономаренко Ю. А. Оприлюднення закону як передумова набуття ним чинності // Збірник наукових праць Харківського державного педагогічного університету ім. Г. С. Сковороди. Серія “Право”. Вип. 1. – Харків: ХНАДУ, 2001. – С. 132-137.
10. Пономаренко Ю. А. Проблема зворотної дії в часі “проміжного” кримінального закону // Держава і право: Збірник наукових праць. Юридичні і політичні науки. Випуск 10. – К.: Ін-т держави і права ім. В. М. Корецького НАН України, 2001. – С. 423-427.
11. Пономаренко Ю. А. Визначення більш м’якого кримінального закону при різносторонніх змінах меж передбаченого в санкції покарання // Держава та регіони. Серія: Право. – 2003. – № 2. – С. 77-80.
12. Пономаренко Ю. А. Вплив Європейської конвенції про міжнародну дійсність кримінальних вироків на національний кримінальний закон України // Підприємництво, господарство і право. – 2003. – № 7. – С. 89-92.
13. Борисов В. І., Пономаренко Ю. А. Законодавство про кримінальну відповідальність та його чинність у часі // Законодавство України: Науково-практичні коментарі. – 2003. – № 8. – С. 23-32.
14. Пономаренко Ю. А. Уголовно-правовая борьба с легализацией доходов от наркобизнеса: украинские перспективы в контексте иностранного и международного опыта // Збірник наукових праць Харківського Центру по вивченню організованої злочинності спільно з Американським Університетом у Вашингтоні. Випуск шостий. – Харків: Харківський Центр по вивченню організованої злочинності спільно з Американським Університетом у Вашингтоні, 2003. – С. 190-208.
15. Пономаренко Ю. А. Застосування кримінального закону за аналогією як засіб подолання прогалин у ньому // Кримінальне право України. –2006. – № 2. – С. 9-16.
16. Пономаренко Ю. А. Законодавча диференціація правових наслідків учинення неповнолітніми суспільно небезпечних діянь, передбачених КК України // Делінквентна поведінка дітей та молоді: Сучасні технології протидії: Матеріали міжнар. наук.-практ. конф. 31 березня – 1 квітня 2006 р. – Одеса: Одеський юрид. ін-т Харківського нац. ун-ту внутр. справ МВС України, 2006. – С. 141-146.
17. Пономаренко Ю. А. Кримінальна відповідальність і покарання як обмеження прав людини // Боротьба зі злочинністю та права людини: Зб. наук. Статей / За ред. М. П. Орзіха, В. М. Дьоміна. – Б-ка журн. «Юридичний вісник». – О.: Фенікс, 2006. – С. 212-216.
18. Пономаренко Ю. А. Законодавче визначення окремих правил пеналізації злочинів та їх значення // Піднесення до права: Реформування кримінального та кримінально-виконавчого законодавства – головний чинник корегування політики України у сфері виконання кримінальних покарань: Зб. доповідей та тез наук.-практ. конф., 21-22 груд. 2006 р. – Запоріжжя: ГУ «ЗІДМУ», 2006. – С. 108-115.
19. Пономаренко Ю. А. Перелік покарань чи система покарань? // Збірник наукових праць Харківського національного педагогічного університету ім. Г. С. Сковороди. Серія “Право”. – 2007. – Вип. 9. – С. 113-118.
20. Пономаренко Ю. А. Про прогалини у кримінальному законі та шляхи їх подолання // Кримінальний кодекс України 2001 р.: проблеми застосування і перспективи удосконалення. Прогалини у кримінальному законодавстві. Міжнародний симпозіум, 12-13 вересня 2008 р.: Тези і реферати доповідей, тексти повідомлень. – Львів: Львівський держ. ун-т внутр. справ, 2008. – С. 141-148.
21. Пономаренко Ю. А. Поняття кримінальної відповідальності // Проблеми законності: Академіч. зб. наук. праць. Вип. 102 / Відп. ред. В.Я. Тацій. – Харків: Нац. юрид. акад. України, 2009. – С. 138-148.
22. Пономаренко Ю. А. Поняття пеналізації злочинів // Питання боротьби зі злочинністю: Збірник наукових праць. Вип. 17 / Ред. кол.: В. І. Борисов (голов. ред.)та ін. – Харків: Кроссроуд, 2009. – С. 65-77.
23. Пономаренко Ю. А. Основні правила пеналізації окремих злочинів за чинним КК України // Вісник Національної академії прокуратури України. – 2009. – № 3 (15). – С. 47-52.
24. Борисов В. І., Дзюба Ю. П., Пономаренко Ю. А. Щодо подальшого вдосконалення захисту прав та законних інтересів потерпілого від злочину засобами кримінального права // Питання боротьби зі злочинністю: зб. наук. пр. / Редкол.: В. І. Борисов та ін. – Х.: Право, 2010. – Вип. 19. – С. 3-15.
25. Пономаренко Ю. А. Дія кримінального закону в механізмі кримінально-правового регулювання // Актуальні проблеми держави і права: Збірник наукових праць. Вип. 54 / Редкол.: С. В. Ківалов (голов. ред.) та ін.; Відп. за вип. В. О. Туляков. – Одеса: Юридична література, 2010. – С. 88-93.
26. Пономаренко Ю. А. Питання караності злочинів у рішеннях Конституційного Суду України // Теоретичні та прикладні проблеми кримінального права України: Матеріали міжнар. наук.-практ. конф., м. Луганськ, 20-21 травня 2011 р. / Редкол.: Г. Є. Болдарь та ін. – Луганськ: РВВ ЛДУВС ім. Е. О. Дідоренка, 2011. – С. 396-401.
27. Пономаренко Ю. А. Розуміння кримінально-правової політики в роботах криміналістів ХІХ – початку ХХ століть // Проблеми законності: акад. зб. наук. пр. / відп. ред. В. Я. Тацій. – Х.: Нац. ун-т «ЮАУ», 2011. – Вип. 114. – С. 154-162.
28. Пономаренко Ю. А. Обґрунтування права покарання в історії філософської та юридичної думки // Збірник наукових праць Харківського національного педагогічного університету імені Г. С. Сковороди. «Право». Вип. 16. / Ред. кол.: О. І. Процевський (голов. ред.) та ін. – Х.: ХНПУ ім. Г. С. Сковороди, 2011. – С. 113-119.
29. Пономаренко Ю. А. Походження права покарання // Проблеми законності: акад. зб. наук. пр. / відп. ред. В. Я. Тацій. – Х.: Нац. ун-т «ЮАУ», 2011. – Вип. 115. – С. 113-121.
30. Пономаренко Ю. А. Заходи безпеки за кримінальним правом України // Вісник прокуратури. – 2011. – № 9. – С. 63-67.
31. Пономаренко Ю. А. Покарання як захід кримінальної відповідальності // Вісник Одеського національного університету. Том 16. Випуск 9: Правознавство / Ред. кол. журналу: І. М. Коваль (голов. ред.) та ін., ред. кол. серії: А. С. Васильєв (наук. ред.) та ін. – Одеса: Одеський нац. ун-т ім. І. І. Мечникова, 2011. – С. 207-213.
32. Тютюгин В. И., Пономаренко Ю. А., Харитонова А. В. Харьковская школа уголовного права // Право Украины. – 2011. – № 9-10. – С. 265-273.
33. Пономаренко Ю. А. Розуміння кримінально-правової політики у працях криміналістів радянського і пострадянського часів // Проблеми законності: акад. зб. наук. пр. / відп. ред. В. Я. Тацій. – Х.: Нац. ун-т «ЮАУ», 2012. – Вип. 118. – С. 134-141.
34. Пономаренко Ю. А. Поняття і зміст штрафу як виду покарання // Науковий вісник Ужгородського національного університету. Серія «Право». – 2012. – Вип. 20, част. 1, том 4. – С. 70-72.
35. Гуторова Н. О., Пономаренко Ю. А. Пеналізація злочинів як напрямок кримінально-правової політики // Вісник Асоціації кримінального права України. – 2013. – № 1. – С. 32-49. Режим доступу: http://nauka.jur-academy.kharkov.ua/download/visnik_yg/1/3.pdf
36. Пономаренко Ю. А. Форми реалізації кримінальної відповідальності за кримінальним законодавством України // Збірник наукових праць Харківського національного педагогічного університету імені Г. С. Сковороди. «Право». Вип. 20. / Ред. кол.: О. І. Процевський (голов. ред.) та ін. – Х.: ХНПУ ім. Г. С. Сковороди, 2013. – С. 65-72.
37. Пономаренко Ю. А. Содержание в дисциплинарном батальоне военнослужащих – специальный вид лишения свободы // Legea şi viaţa. – 2014. – № 1/2. – С. 183-186.
38. Пономаренко Ю. А. Правила застосування заходів кримінально-правового характеру щодо юридичних осіб // Збірник наукових праць Харківського національного педагогічного університету імені Г. С. Сковороди. «Право». Вип. 22. / Ред. кол.: О. І. Процевський (голов. ред.) та ін. – Х.: ХНПУ ім. Г. С. Сковороди, 2013. – С. 155-160.
39. Пономаренко Ю. А. Некоторые вопросы лишения звания как вида наказания по уголовному праву Украины // Legea şi viaţa. – 2015. – № 4/3. – С. 77-80.
40. Пономаренко Ю. А. Щодо співвідношення пеналізації та депеналізації злочинів // Науковий вісник Херсонського державного університету. Серія: Юридичні науки. – 2015. – Вип. 1. – Том 4. – С. 47-51.
41. Тацій В. Я., Тютюгін В. І., Пономаренко Ю. А. Проблеми стабільності й динамізму кримінального законодавства України на сучасному етапі // Вісник Національної академії правових наук України. – 2015. – № 4 (83). – С. 54-66.
42. Тацій В. Я. , Тютюгін В. І. , Пономаренко Ю. А. Виклики сучасності і кримінальне право // Голос України. – 2016. – № 16 (6270), 29 січня. – С. 6-7.
43. Баулін Ю. В., Пономаренко Ю. А. Системність у кримінальному праві та кримінальному законодавстві // Право України. – 2017. – № 5. – С. 88-95.
44. Пономаренко Ю. А. Штраф в уголовном праве Республики Беларусь и Украины: общее и особенности, современность и перспективы // Вестник Барановичского государственного университета. Серия: Исторические науки и археология. Экономические науки. Юридические науки. – 2017. – Вып. 5. – С. 175-178.
45. Пономаренко Ю. А. Про зворотну дію в часі «закону Савченко» // Вісник Асоціації кримінального права України. – 2018. – № 1 (10) – С. 32-42.
46. Пономаренко Ю. А. Кримінально-правові наслідки запровадження в Україні воєнного стану // Проблеми законності : зб. наук. пр. / М-во освіти і науки України, Нац. юрид. ун-т ім. Ярослава Мудрого. – Харків : Нац. юрид. ун-т ім. Ярослава Мудрого, 2019 = Problems of legality = Проблемы законности. – Вип. 145. – С. 179-192. – Бібліогр. : с. 190-192.
47. Тютюгін В. І., Пономаренко Ю. А., Суходубова І. В. Вчення про стабільність та динамізм кримінального законодавства у працях професора В. Я. Тація // Проблеми законності : спеціальний випуск / за заг. ред. проф. А. П. Гетьмана. – Харків : Нац. юрид. ун-т ім. Ярослава Мудрого, 2020. – С. 92-104.

Інші видання

1. Кримінальне законодавство України. Порівняльний аналіз статей Кримінального кодексу України 1960 р. та Кримінального кодексу України 2001 р. : науково-практичне видання / С. В. Гізімчук, Ю. В. Гродецький, С. В. Гринчак та ін. За заг. ред. В. В. Сташиса. – К.: Ін Юре, 2001. – 284 с. (у співавторстві)
2. Велика українська юридична енциклопедія : у 20 т. / Нац. акад. прав. наук України, Ін-т держави і права ім. В. М. Корецького, Нац. юрид. ун-т ім. Ярослава Мудрого; редкол. В. Я. Тацій [та ін.]. – Х.: Право, 2016. – Т. 2 : Філософія права / гол. редкол. С. І. Максимов ; редкол. М. В. Костицький [та ін.]. – 2017. –  с. (у співавторстві)
3. Велика українська юридична енциклопедія [Текст] : у 20 т. / Нац. акад. прав. наук України, Ін-т держави і права ім. В. М. Корецького, Нац. юрид. ун-т ім. Ярослава Мудрого; редкол. В. Я. Тацій [та ін.]. – Х.: Право, 2016. – Т. 17 : Кримінальне право / гол. редкол. В Я. Тацій ; редкол. В. І. Борисов [та ін.]. – 2017. –  с. (у співавторстві)
4. Бажанов Марко Ігорович : біографічний і бібліографічний довідник (до 95-річчя від дня народження) / Ю. В. Баулін, Ю. А. Пономаренко, О. В. Харитонова, О. М. Рибалова. – Х. : Право, 2017. – 58 с. (у співавторстві)